Ciao,
è una possibile soluzione la tua, considerando però che il limite di gerarchia è a 2 livelli (categoria-sezione) potresti avere difficoltà nel definire "dove" andare a piazzare gli atti.
Tuttavia può funzionare. Sto pensando anche ad una soluzione impropria che sfrutti la funzionalità multiente per assegnare docenti, personale ecc...
Infine, da ultimo, ci sarebbe la possibilità di installare diversi joomla, in diverse cartelle del tuo hoster con il solo albo pretorio a bordo... ovviamente occorrerebbero diversi DB... ma tutte queste sono in effetti soluzioni fantasiose.