in quanto dipende da molte variabili in genere insite nel template in uso.
mai trovato un template per joomla con simili variabili, va sempre nella cartella templates, ma magari sono stato fortunato..
invece credo che spesso non funziona, o funziona solo con certi browser ma non in IE è perchè è fatta malamente con programmi non adatti.
per fare la favicon mi dispero quanto leggo di tool e componenti che poi sono molto invasivi, per fare una favicon anche animata perfettamente funzionante anche con il famigerato IE si usa the-gimp, si prende una qualsiasi immagine, la si riproporziona a 32*.32px ma pure 64.64px va bene, e poi la si salva con nome come favicon.ico
se non ciavete the-gimp fare le vostra favicon come vi pare sarà una ottima occasione per installarlo ed usarlo.
PS
con joomla 1.6 non servono neanche le istruzioni nel template, si carica ugualmente, ho provato in diversi casi e almeno a me si carica sempre e anche con IE
