non puoi passare valori da javascript a php dato che il php viene eseguito lato server e javascript lato client, che tradotto vuol dire che php viene eseguito PRIMA di javascript, quando viene eseguito quest'ultimo php NON ESISTE PIU'.
potresti farlo con delle chiamate ajax ma sei sicuro che ti convenga? sembra un inutile spreco di tempo ed energie per quello che vuoi fare... potresti risolvere il problema senzjavascript e senza php (per le dimenzioni)
mi sembra di capire che vuoi un grafico a tutta finestra... bene, ti basterà dare all'oggetto width ed height 100%