Io lavoro con siti che gestiscono ben oltre i 10000 dati e mysql non mi ha mai tradito. Ovviamente devi avere dei server su cui gira il tuo lavoro con performance adeguate (niente di surreale) ma certo non puoi prenderti un hosting low-cost. (su un sito poi dipende anche molto da quanti visitatori hai).
Se devi eseguire operazioni in cron ovviamente devi fare attenzione a controllare la ram per evitare che il php ti vada in crash ed evitare di fare centinaia di query al secondo, insomma serve qualche accortezza, ma nulla di trascendentale.
Se inizi a parlare di milioni di dati il discorso forse cambia, ma decine di migliaia sono cifre assolutamente gestibili in mysql senza neanche dover fare troppe ottimizzazioni.
Per il discorso dei cms in soldoni sono un mucchio di codice già scritto (bene) che se pensi che ti serva lo usi altrimenti no. Joomla 1.6 esegue circa 20 query a pagina di default e se usi qualche componente esterno facilmente arrivi a 50 query/pagina, in cache puoi eliminare 3/4 delle query, poi dipende molto da cosa istalli e come scrivi i tuoi componenti.
P.S. ovviamente mysql ha alcune funzioni limitate rispetto ad Oracle... ma prima che arrivi a doverle usare troppo complesso deve essere il tuo progetto!
