Quando si cestina un elemento in Joomla 1.6, questo non viene completamente eliminato, va a finire nel "Cestino"
Prova a:
Gestione menu e selezionare dal menu a tendina "Seleziona stato" --> cestinato. In questo modo nella lista dei menu verranno visualizzati solo gli elementi cestinati.
Selezionare gli elementi da cestinare e cliccare sull'icona Svuota cestino presente nella barra degli strumenti.
Per ultimo..per sicurezza
Manutenzione--->Pulisci cache