Se posso esporre la mia esperienza, usavo questo metodo fino a che il vecchio plugin per l'FTP di Notepad++ non venisse tolto per problemi di sicurezza, ora navigo fino al file con Filezilla, tasto dx sul file e scelgo modifica; Poi a seconda dell'editor impostato per quel tipo di file vi si aprirà Notepad++ o Dreamweaver o altro.
Al momento il plugin non è affetto da nessun bug, quindi è sicuro e utilizzabile per scopo produttivo...
La comodità di questo modo di lavorare riguarda proprio il non dover utilizzare altri programmi per l'editing remoto e il non dover, come in certi casi, rinominare i file remoti per poterli aprire col Npp...
Per quanto riguarda il backup, è sempre bene effettuarlo prima di ogni modifica, ma questa regola d'oro vale per qualsiasi metodo di editing venga usato, infatti editare attraverso Npp o editare attraverso l'utilizzo di un client ftp comporta i medesimi rischi in caso di errore, quindi..... Backup Sempre