Non modificare niente se non sei sicuro!
Anche io sto validando ogni pagina a mano, cercando di intervenire meno che posso sui file del template, che sono organizzati in un modo davvero complesso.
Usa Tidy e modifica solo , all'inizio, i campi con le text-area o comunque gli inserimenti fatti da te.
Io ho notato che la maggior parte degli errori avvengono proprio nelle tex-area e nei campi compilati male dei moduli installati dopo l'installazione di joomla, e non linkati tramite menu.
Comunque io sto usando joomla fap solo per Albo Pretorio mentre per il sito utilizzo un altro template, nel quale QContats non sempre restituisce errori:
http://www.istitutocomprensivoassisi3.gov.it/intro/index.php?option=com_qcontacts&view=contact&id=1&Itemid=125&lang=it(sto testando con W3c html- W3c Css- Tidy installato su mozilla).
Ho letto l'intervento di Vales sugli ultimi paletti in tema di accessibiltà e usabilità. In questo modo uno è costetto a fare un sito di max cinque pagine e con tre plugin al massimo, senza immagini o video, e concentrarsi lì su come validarle a tutti gli effetti.
