penso anche io che il problema possa trovarsi nel backup, molto probabilmente vi sarà un file che è stato modificato, o più probabilmente aggiunto, che agisce come cavallo di troia.
sarà abbastanza difficile trovare dove sta il problema senza i log di apache, prova a cercare funzioni quali gzinflate, base64_decode od eval nei file php e comparare questi con gli originali. se trovi qualcosa come eval(gzinflate(base64_decode('83u3nsbnsxy[et cetera]=='))) hai trovato un cavallo di troia. nota: le funzioni possono variare.
ciao,
marco