Ho letto da discussione linkata ma non vedo in cosa possa aiutarmi.
Semplicemente perchè si tratta in parte del tuo stesso problema.
Non devi installare altri plugin aggiuntivi, bensì un altro editor di testo a sostituzione di quello che di default è in joomla (non molto orientato alle dtd strict, come hai giustamente notato). HTML purifier poi può aiutarti dopo se neanche l'installazione di JCE porta a buon risultati.
E' ovvio che se vuoi ottenere qualcosa di diverso dall'usuale devi installare plugin aggiuntivi o fare qualche modifica! Il doctype di joomla consigliato per creare nuovi template è infatti l'xhtml1 transitional.
Non credo che prefereriresti rinunciare a Joomla! piuttosto che cambiare il doctype del tuo template, a meno che non sia veramente necessario...
