Anch'io ho lo stesso tuo problema. E non utilizzo le caratteristiche SEO! Ho l'ultima versione Joomla (1.5.23) e mi sa che è un bug.
Mi sono accorto che manca l'itemID al link dell'articolo (che non funziona) creato dal modulo.
Speriamo di non essere i soli!
Alla fine ho risolto... in un modo di certo poco elegante ma efficace.
Allora, ho fatto così (nota: prima di adottare questo approccio ho veramente provato di tutto senza i risultati sperati. Ricordo che la sezione che dava problemi era "Blog")
1) ho disabilitato le friendly url (così funziona tutto) cosicché potessi intervenire lasciando il blog fruibile
2) ho creato una sezione Blog_2 e delle categorie Cat_2_1, Cat_2_2... nascoste (cioè con privilegi special che ho solo io)
3) ho selezionato tutti gli articoli di Blog e gli ho copiati in Blog2 (il vantaggio della copia è che li selezioni tutti insieme in un sol colpo e gli articoli copia mantengono le stesse caratteristiche -nome, data creazione, ultima modifica, tag...- degli originali, cambiano solo gli ID associati agli articoli)
4) ho creato una nuova voce di menù vai_al_Blog anche questa nascosta agli utenti (special)
5) ho attivato sul Blog_2 tutti i componenti e plugin attivi sul Blog. Per farlo non mi sono limitato ad assegnare al Blog_2 gli stessi com/plg del Blog, ma ogni com/plg attivo sul Blog l'ho copiato e attivato sul Blog_2. Lasciate che ogni com/plg copiato mantenga il nome "Copia di ..."... torna utile dopo. Questi li ho messi con visibilità pubblica tanto se i link del menù per accedere al Blog_2 sono nascosti, così come lo sono le categorie e sezioni, va da se che anche i componenti, di fatto, lo siano. Questa accortezza torna utile dopo.
6) mentre facevo i singoli passaggi, restando loggato al frontend del sito come utente special, facevo le prove attivando per pochi minuti le friendly url e cercando di accedere, dai link "ultime notizie" della home, ai nuovi "contenuti copia" (nota: i link alle copie degli articoli vengono mostrati solo agli utenti special, quindi è necessario loggarsi al sito come amministratori. Se non si è loggati, o lo si è fatto come utente "register", i link restano nascosti). Ho fatto un giro sul nuovo blog e quando ho visto che tutto funzionava ho cominciato lo smantellamento del vecchio.
7) ho eliminato tutti gli articoli del Blog (il vecchio) e li ho rimossi dal cestino. Ho eliminato tutte le categorie del Blog, poi la sezione Blog stessa, le voci di menù ad essa collegate ed infine i moduli/plugin associati al vecchio blog (quelli senza "Copia di.." - visto a che serviva lasciarli rinominati così). L'ordine di esecuzione è importante. Dalla fine di questo passo il blog non è più accessibile a nessuno.
8. poi ho cominciato a metter visibile il nuovo blog. Ho dapprima rinominato tutti i mod/plg togliendo dal loro nome il "Copia di...", poi ho reso visibili le categorie e la sezione Blog_2 (passate da special a pubblic), che ho poi rinominato in "Blog" per non disorientare gli utenti (ho rinominato sia il titolo sia l'alias. Ho potuto farlo perché la vecchia sezione Blog l'ho prima cancellata, quindi non avevo più conflitti).
9) ho rinominato alias e titolo della voce di menù "vai_al_Blog" in "Blog" e l'ho resa anch'essa pubblic. Qui torna utile il giochetto di lasciare pubblic la visibilità di mod/plg... se gli avessi resi special mi sarei dovuto mettere e renderli pubblic uno alla volta

. Da questo punto in poi il blog e nuovamente visibile a tutti
10) a questo punto le friendly url possono essere riattivate e lasciate definitivamente attive se tutto è andato per il verso giusto.
Di fatto il blog è rimasto inattivo solo il tempo necessario per passare dalla fase 7 alla 8 e salvo qualche istante in cui si riattivavano i friendly url per provare se la nuova struttura blog potesse avere problemi.
Di fatto il Blog ripristinato dopo questi passaggi è una nuova sezione anche se riporta gli stessi articoli e contenuti della vecchia e non dovrebbe dare più problemi
Il fatto di chiamare la nuova sezione blog esattamente come la vecchia non spiazza gli utenti che possono usare lo stesso link che usavano prima, del tipo
www.hostsito.est/blog, per accedere al blog.
Unico grosso inconveniente è che se qualcuno ha linkato uno specifico articolo del blog quel link risulterà non più valido perché cambia l'id del link (es da
www.hostsito.est/blog/IDx-nome_articolo a
www.hostsito.est/blog/IDy-nome_articolo)
Nonostante tutto mi sarebbe piaciuto capire il perché di tutto ciò... misteri dell'informatica.
Scusa se sono sceso in dettagli banali ma, anche se ho risposto a te, voleva essere un aiuto che potesse essere utile a tutti.
Buonanotte