Forse devi solo mettere il file .htaccess nella root del sito.
Generalmente basta che lo rinomini, ce n'è uno che si chiama htaccess.txt e se tu lo rinomini in .htaccess sei a posto.
Se non vuoi fare così puoi andare nella configurazione globale di joomla e, nella tab Sito, impostare usa URL rewriting su no invece che su si (almeno credo).