anche il titolo ed il logo saranno inseriti nel flash? O dovrai inserirli a parte?
Hai già messo mano al css? Perchè il div del logo lo vedo estremamente spostato in basso rispetto all'header!
Comunque, nel caso che ho descritto sopra, cancelli tutto il tag header (perchè le funzioni originali del template non le utilizzi più) lasciando intatto il div header container, all'interno del quale inserirai il tuo flash di altezza 140px e di larghezza automatica (quindi, di conseguenza, cancellerai anche il relativo attributo css "#header").