Mah, il problema da te sollevato è di enorme importanza se effettui delle modifiche al core di Joomla, che quindi devi ripristinare ogni volta che lo aggiorni.
Ma per il resto si tratta di componenti e moduli che aggiungono funzionalità e che puoi sempre rimuovere.
Comunque tool non credo che ne siano.
Sta a te creare un punti di ripristino manuale, backuppando tutto quanto prima della modifica.