Ciao effedi,
fai un file editor.css o body.css o un nome che non sia già usato e inseriscilo nella cartella css del template. Dentro copia solo il css del body che hai nel file template.css senza il background-color o background-image che ti compare nell'editor. Dopo che l'hai caricato via ftp, Vai in JCE - Profili - Default - Parametri dell'editor e nella casella Utilizza file CSS personalizzato metti il percorso come da esempio. (con il nome che hai dato al file con il body).