Mi rispondo da solo: a causa dei problemi generati da jUpgrade, prima di procedere all'installazione di K2 è necessario cancellare qualsiasi riferimento presente nel database. jUpgrade infatti non importa soltanto i contenuti del componente, ma anche i riferimenti ai suoi moduli: se questo per altri componenti non crea problemi, per K2 a quanto pare si. Bisogna quindi installarlo, disinstallarlo, pulire il database, reinstallarlo nuovamente, per tornare a vedere i moduli anche in Gestione Moduli.
Almeno così a me ha funzionato. Per ora...
È probabile che questa soluzione sia corretta anche per qualsiasi altra estensione che genera una questione simile...
EDIT: confermo che per alcune tipologie di estensioni, per una corretta migrazione bisogna installare, disinstallare, pulire il database (se necessario), reinstallare. Naturalmente, salvatevi in qualche modo i dati delle vostre configurazioni custom, se presenti.