ciao ErodeGrigo,
1) Modulo Remository Multi-Module,
presumo tu stia usando il modulo sviluppato dallo stesso sviluppatore di Remository.
In tal caso, hai controllato la sintassi da adottare per indicare più di un ID del contenitore?
Hai separato i valori con una virgola (,) è indicato nell'estensione?
2) Hai impostato un template "secondario" per alcune sezioni del tuo sito, se vuoi che tale template sia mantenuto anche da remository è necessario che sia impostato quel template anche per la voce di menu che punta a remository.