E' esatto. Rinominare il file htaccess.txt in .htaccess significa attivarlo ed in questo modo hai una maggiore protezione da alcuni tipi di attacchi o exploit.
Se dopo averlo rinominato subentra qualche problema (ad esempio un errore 500) ti consiglio di contattare il tuo provider segnalando la cosa e vedrai che lui saprà darti le giuste indicazioni.
Oltre a indubbi vantaggi in tema di sicurezza, rinominare l'htaccess ti permetterà anche di sfruttare l'url rewrite di Joomla, ma questa è un'altra storia...
Ricordati che, come già ribadito nei post precedenti, effettuare periodici backup di sito e database è la prima regola della sicurezza.
Ciao