Ciao,
non vorrei sbagliare ma, applicando il "canonical" devi poi, nell'ordine:
rimuovere la site-map dai o dal motor di ricerca
pubblicarne una nuova
ri-pubblicare la nuova sitemap nel o nei motori di ricerca ripetendo da capo l'indicizzazione.
Spero di non aver scritto una "bestialità" ma a "senso" io farei così