Ciao,
per prima cosa imposta il backup di akeeba fuori root, un rischio in meno e manutenzione più facile (considera che molti host fanno il backup incrementale del tuo sito, e quindi fanno il backup del backup se li tieni là, e ci vuol poco a raggiungere diversi Gb di spazio occupato).
Per quanto riguarda i permessi delle directories,
1 = exec (necessario per le directories)
2 = write (necessario per il solo utente "proprietario" e solo - volendo blindare il sito - sulle cartelle "scrivibili"
4 = read (questo ti serve)
quindi 555 / 444 per cartelle e files non scrivibili,
e 755/644 per quelle scrivibili.
Se poi gestisci il tuo server, puoi assegnare ad un utente diverso tutte le cartelle fuorché quelle scrivibili.
Ma attento: documenta tutto, e ricordati del documento quando hai problemi ad aggiornare qualche estensione!