Ciao, non devi togliere le funzioni seo, devi solo impostarle bene, se disabilitando il seo funziona bene , ovviamente come pensavo il problema è li o nel file htaccess.
Per virtuemart esistono componenti seo dedicati che si occupano di una riscrittura delle url complesse che funzionano molto bene .
Dai un'occhiata sulla jed,
http://extensions.joomla.org/cosi da controllare e poi ti consiglio anche il forum di virtuemart al seguente indirizzo dove potrai trovare nel forum parecchi consigli e informazioni utili.
http://www.vmitalia.net/Per quanto riguarda virtuemart ti consiglio vivamente di aggiornarlo, sono presenti parecchi bug nelle versioni precedenti che sono state corrette con gli aggiornamenti.
Ricorda sempre di fare il backup prima di qualsiasi modifica o aggiornemento.
Spero di esserti stato di aiuto
Fammi sapere ciao.