Il Pr? un dato fuorviante da prendere con le pinze. Se poi ti riferisci alla GG toolbar è ancora più insignificante.
Riguardo ai banner, è chiaro che disperdono il pagerank come qualsiasi altro link esterno. Come già scritto nell'altra discussione da te aperta, bene che vedi già risultati importanti nelle ricerche, ma 40 giorni sono troppo pochi per giudicare il tuo lavoro.
Considera che è possibile che tra una ventina di giorni il tuo sito si potrebbe stazionare qualche posizione più indietro rispetto a quella attuale perchè i motori danno una spinta ai nuovi siti per poi posizionarli "dove meritano".