Ciao.
La connessione interrotta non è un problema di Joomla ma semmai della tua connessione internet, o del tuo programma ftp o del tuo host.
Non è necessario che tu cancelli i files precedentemente caricati: basta che, rifacendo ilo trasferimento in blocco di tutto dici al tuo programma ftp di sostituire solo i files di data più recente. Se poi il tuo programma ftp non offre questa possibilità, lascia pure che sovrascriva i files esistenti, sicuramente non li duplica.
Prima però guarda bene che il tuo host o il tuo programma ftp non abbiano delle limitazioni all'entità o alla durata del trasferimento: in questo caso lo dovrai fare a pezzi.
Fammi sapere.
Fabrizio