In linea di principio il SEF di joomla è già buono, non sempre è ottimale, per forza di cose se usi estensioni di terze parti, gallerie ecc.
In questo credo che estensioni SEF specifiche siano più efficaci o perlomeno più "comode" da integrare magari attraverso lo sviluppo di plugin specifici.
La versione 1.6/17 di Joomla credo abbia fatto un grande passo avanti rispetto alla 1.5 per quanto riguarda SEF e SEO.
Personalmente l'unico appunto che mi rimane sul SEF di Joomla è la presenza dell'ID nel link. Probabilmente non fa molta differenza per il SEO ma è fastidioso perché rende un po' meno friendly i link.
Capisco, d'altra parte, che eliminarlo avrebbe voluto dire anche realizzare tutta la gestione delle collisioni dei nomi dei link che probabilmente non è un obiettivo primario del team di sviluppo e avrebbe comunque complicato l'usabilità in termini di gestione del sito.