Ciao Cikka, ciao aezakmi,
sicuramente la pulizia dei tuoi meta tag è importante e se hai modo di elimianare i duplicati devi farlo, in particolar modo se le pagine "incriminate" sono quelle che devi posizionare.
Detto questo però io non mi preoccuperei troppo, Joomla! e i CMS in generale creano sempre duplicati. Siti di grosse dimenzioni hanno spesso questo problema e difficilmente è possibile andarlo a risolvere, i loro pozionamenti non subiscono per questo penalizzazioni.
Io credo tu debba ragionare sul rapporto tra il numero delle pagine pubblicate sul tuo sito e il numero di duplicati, fino ad un decimo/ventesimo non me ne preoccuperei proprio.
Maurizio ZioPal