Sto avendo anch'io lo stesso problema (ho aperto un ticket proprio ieri).
Nel mio sito faccio uso di un template Rocket.Theme e di un loro interessante plugin, RokGZipper, che ottimizza e comprime i file css e javascript. E i file creati dinamicamente da detto plugin sono effettivamente dei PHP.
Inoltre, verificando gli script PHP di Joomla - del quale ho implementato l'ultima versione 2.5.1 - mi pare (ripeto "mi pare") che in vari file di "sistema" di questo CMS siano presenti proprio delle istruzioni che forzano i permessi delle directory a 755 e quelli dei file a 644, sia per la modalità FTP sia per la quella "normale".
Ovviamente, se il provider (come nel mio caso) richiede i permessi 755 sui file PHP perché vengano eseguiti, i problemi sono a questo punto garantiti.
In ogni caso, pur disabilitando RokGZipper, qualche problema lo si nota anche con la cache di Joomla 2.5.1 quando la si imposta su "Cache progressiva", che porta a mostrare un errore quando si visita una qualsiasi pagina del sito per almeno due volte entro un tempo che non superi ovviamente la durata della cache stessa.
Appena posso, cercherò di tenervi informati sugli eventuali sviluppi del mio ticket e, nel frattempo, spero che qualcuno possa darmi qualche conferma sulla forzatura che pare joomla 2.5.1 operi sui permessi di file e cartelle.
