Ciao, basta usare il tag object in questo modo per inserire il file esempio.swf:
<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,29,0" width="550" height="450"><param name="movie" value="esempio.swf"><param name="quality" value="high"><embed src="esempio.swf" quality="high" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" type="application/x-shockwave-flash" width="550" height="450"></embed></object>
Comunque non è stata una buona soluzione sia perchè non hai risolto il problema (che ci vuole a scaricare un swf o a fare uno screen shot?!? E' impossibile impedire la copia di materiale esposto in pubblico!) sia perchè se non molte persone hanno un plugin pdf per il proprio browser ancor meno ne hanno uno per l'swf! Tutti i possessori di ipad ad esempio, meno i cosiddetti "smanettoni", non hanno un plugin per leggere il flash.