le iniezioni di codice avvengono a causa di estensioni vulnerabili installate o di un cattivo settaggio del server, a livello di impostazioni di sicurezza e di permessi.
prima però di dare la colpa al server (e quindi a chi l'ha configurato, il fornitore dell'hosting in tal caso), servirebbe verificare se disponi di tutte le ultime versioni dei software installati.
Joomla 1.7.3 al momento è sicura, ma considera che ogni estensione installata, potenzialmente ne estende la superficie attaccabile.
E' scontato che, se ho installata una versione obsoleta o vulnerabile di un'estensione, gli effetti dell'attacco si ripercuotono su tutto il sito e si possono verificare diverse tipologie di attacco (in base alla vulnerabilità), dalle SQL Injection che iniettano codice nel database, alle LFI, che caricano file sul server (di solito delle shell che consentono di compromettere la sicurezza dei tuoi vicini di hosting).
Ti consiglio di consultare questo topic:
http://forum.joomla.it/index.php/topic,117151.0.html