Io ho un'esperienza diversa dalla tua.
Premesso che avevo già provato beta1 in locale senza problemi particolari, per la definitiva avevo scelto l'opzione manuale perché ho dei files XML modificati.
Ho provato 5 (cinque!) volte in manuale, sempre rincorrendo i suggerimenti che alex continuava a modificare.
Alla fine ho provato in automatico, sempre in locale, ho ricopiato i miei XML e tutto è andato a posto in un attimo.
Ho ripetuto la procedura automatica e la sostituzione dei miei XML in remoto, stesso ottimo risultato.