Stiamo parlando di due caches differenti: una è quella di Joomla, è gestita da Joomla secondo le tue direttive e serve ad accelerare i ritorni alle pagine.
L'altra è la cache del browser, dove vengono depositate per regola non solo le pagine ma le immagini, i fogli di stile, le funzioni Javascript e altre cose.
Che siano due cose differenti lo prova il fatto che, apportata una modifica di struttura a un modulo o altro, non basta premere F5 per vedere il risultato: F5 annulla il richiamo alla cache del browser provocando la ricarica della pagina, che però viene richiamata già compilata dalla cache di Joomla e non viene compilata di nuovo. Cancellando anche la cache di Joomla si provoca una nuova compilazione con le modifiche apportate.