Ciao Ale,
non sono un Guru ma perchè tenere cartelle del vecchio sito che non ti servono (lo prova il fatto che non vuoi che ti appaia!)? Ti consiglio di togliere il tutto e ricaricare da zero. Probabilmente non avrai dato l'ok alla sovrascrizione dei file già presenti sul server via ftp (index, ecc...), per cui ha mantenuto validi i precedenti che puntano alle vecchie cartelle.
Ciao