Sì sta qua, al paragrafo "trasferimento da remoto a locale".
In ogni caso, dopo aver trasferito tutto sul server ed aver reso il sito disponibile agli utenti e on-line, il passo successivo è quello di lavorare e fare gli aggiornamenti in remoto; poi in locale ti conservi soltanto le copie di backup dell'export del db e della copia di file e cartelle, tutto qua, non complicarti la vita inutilmente oltre che fare un doppio lavoro.
Se il tuo cruccio è la sicurezza del sito e dei suoi dati, l'accorgimento maximo che puoi seguire è quello di tenere sempre aggiornato sia joomla stesso che le sue estensioni (oltre chiaramente ad eseguire dei backup periodici).