Per quanto riguarda template e moduli, puoi decidere comodamente in che posizioni pubblicarli e quali far vedere dove...
Mi spiego meglio
Puoi decidere che un modulo venga visto in home, ma magari non negli articoli, oppure solo in determinate categorie.
Così come puoi assegnare a delle voci di menu un template differente ANCHE TOTALMENTE DIFFERENTE!
Se tu installi Joomla! così com'è trovi tutti gli esempi di cui hai bisogno! Clicchi a caso sui menù e vedi come si comportano, quindi cerchi nell'amministrazione ciò di cui hai bisogno e vedi come è risolto... io ho fatto così quando ho iniziato!