Anche se è passato oltre un anno dall'ultimo aggiornamento di questo post voglio aggiungere un commento. Dopo aver trafficato per cinque ore nel trasferire il mio sito da altervista ad un hosting commerciale, ho avuto un sacco di errori. Non sto qui a raccontarvi i mille tentativi e come ho fatto alla fine a far funzionare il tutto (non lo so nemmeno io a dire il vero) però l'ultimo problema è stato quello della configurazione del file .htacces
Leggendo questo post mi sono accorto che qualcun altro ha avuto lo stesso problema ma nessuno ha postato una vera soluzione. Anche io come gli altri ho provato tutte le modifiche delle righe RewriteBase e Options +FollowSymLinks, con e senza il #, con e senza i parametri ecc. Nulla di fatto, se impostavo gli URL SEF il sito andava in errore, se non li impostavo il sito si vedeva. Alla fine ho scoperto l'ultima riga del file .htacces che anche va commentata (penso che dipenda dal server e dalle versioni PHP ma a me ha funzionato). Bisogna commentare la riga AddHandler av-php53 .php (nel mio file si trova alla riga 83). Fatto questo il sito funziona correttamente.
Spero sia di aiuto ai prossimi lettori.