Ha ragione -napo-. Meglio Artio JoomSEF, più facile e soprattutto molto più elastico, nel senso che hai la possibilità di escludere anche i componenti che al momento sono incompatibili.
Però il funzionamento di questi componenti presuppone una configurazione appropriata del server Apache.
Io sono diventato matto per giorni per poi accorgermi che nella configurazione di Apache non era abilitata la funzionalità di .htaccess. Se la configurazione di Apache è corretta devi anche controllare il file .htaccess nella root di Joomla! e se è abilitato SEF nel pannello di configurazione.