io dalla 1.6 in poi converto a 2.5.1 direttamente installando la nuova versione joomla come se fosse una estensione e funziona bene, joomla è molto robusto da questo punto di vista, poi ci sono le limitazioni dei vari server e quindi occorre agirarli con un metodo diverso, ma il concetto quello resta: installi gli aggiornamenti direttamente da cartella della ultima versione come se fosse una qualsiasi estensione.
per l'altro problema evidentemente il file configuration.php ha permessi troppo resttrittivi,
fai così:
con filezilla via ftp portalo nel suo computer
aprilo con notepad++ (non va bene il blocco note di win)
trova il campo offline e mettilo a zero,
sempre con filezilla clicca di destra sul file configuration.php remoto
cambia i permessi al file configuration.php remoto anche in 777
sovrascrivi il file configuratione locale modificato sul remoto
rimetti i permessi come stavano prima del configuration.php remoto.
avvisa l'assistenza hosting che non stanno a posto i permessi dei file, che così la prossima volta li troverai giusti (si spera)