ciao,
Che versione utilizzi di joomla?
Poi quello che dovrebbe preoccuparti è il fatto che non trova piu' alcuni file..
i motivi possono essere diversi tra i quali intrusioni esterne.
A questo punto non ti basta ripristinare il sistema ma
dovresti, dopo aver cambiato le password di accesso al sito (e non solo quelle di joomla)
reinstallare da 0
poi dipende da che modifiche hai apportato al sistema...
esempio hai creato installato un nuovo template o moduli?
se non hai installato nulla di diverso dal defaul
il file che ti interessa è
configuration.php
che contiene i dati che joomla usa per connettersi al db
quindi ti consiglio di fare i backup del sito e del db
e reinstallare tutto da 0 cambiando prima tutte le password (ftp,accesso al pannello host ecc)