Sfruttano vulnerabilita' di alcuni CMS.
Se sei su un hosting condiviso, potrebbero benissimo avere attaccato con successo un altro sito, e poi essere arrivati al tuo risalendo semplicemente il filesystem.
Questo tipo di attacchi sono spesso (per non dire sempre) eseguiti da bot automatici.
Le soluzioni:
Puoi togliere i permessi in scrittura ai file php, e lasciarli in sola lettura.
Poi ci sono estensioni che effettuano il monitoraggio automatico dei file e cartelle. In questo caso ti avrebbe avvisato subito dopo l'attacco.
