sentita già questo domanda?
un sottodominio come quello che vuoi fare ha il pregio di avere propri dns, di poter essere quindi trasferito da una macchina all'altra o da un ip all'altro senza bisogno di modificare granchè.
ovvio in uno vero perchè a volte appioppano accrocchi strani.
quindi se fai un sottodominio credo sia utile avere due databasi distinti e separati,
che vi vogliano due diverse installazioni joomla è ovvio, dovresti averne due anche se operassi in una volgare sottocartella.