ho ipotizzato che non avessi l'ultima versione perché non lo hai indicato, e molti problemi derivano spesso da qualche bug delle versioni precedenti..

Se il problema in questo caso non è joomla vuol dire che qualcuno ha necessariamente fatto qualcosa, a parte un grosso pianoforte caduto sul server prima del malfunzionamento, sono pochè le casistiche che non vedono imputate modifiche non autorizzate al sito

Com'è andata a seguito del caricamento della cartella? Ci sono novità?