Ciao mistrio,
probabilmente se togli quel riferimento dall'index.php o dalla configurazione (non metti il nome del sito) dovrebbe andare via.
In ogni caso puoi fare anche così, sostituisci questo css al css che trovi lì:
a.logo, a.logo:link, a.logo:hover, a.logo:visited { display: none;}
template.css (riga 109)
poi prova a mettere il tuo logo completo e vediamo se basta.