Come prima cosa dovresti fare sempre un backup sia dei file che del database.
Poi verificare se, del template che usi, esiste anche una versione per joomla 2.5.
L'aggiornamento dall'1.6 alla 2.5 non dovrebbe essere difficile, e comunque sia qui c'è un forum di supporto presente al 100 % per ogni tua domanda
Joomla 1.6 e 2.5 sono molto simili quindi dovrebbe essere un aggiornamento molto semplice, non ci dovrebbero essere problemi di compatibilità.
L'unico aggiormento più difficile è la migrazione dalla versione 1.5 alla 2.5 ma non è il tuo caso.