Io GSG l'ho provato e disinstallato subito, pertanto non posso darti informazioni su quello, ma Artio JoomSEF e Joomap li ho installati entrambi e i link sono quelli SEF e non quelli php.
Potresti provare a disinstallare Joomap e GSG, fare tutti i link con JoomSEF facendo attenzione a lasciare nella lista dei componenti JoomSEF, Joomap come "normale" e poi reinstallare Joomap. Così dovrebbe funzionare.
Ultima cosa, installa la versione di JomSEF 1.3.3, non la 1.4beta.