dal template estrai una copia sul tuo computer, dentro ci sarà sicuramente la cartella image che contiene tutte le immagini che compongono il template, per quella principale credo tu voglia dire quella sopra i menu, solitamente ha nel nome il termine header in ogni caso fai l'anteprima e vedi quale ti interessa, la apri da un programma di grafica, fai le modifiche che vuoi senza cambiare le dimensioni e poi la salvi con lo stesso nome, fatto questo prendi il file che hai salvato e lo sostituisci tramite ftp con la copia che hai nello spazio web, dentro la cartella del tuo template