c'è un tool per sviluppare/modificare le funzionalità standard e se c'è un tool per creare/modificare i template?
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Il blocco note, un foglio di carta, quello che preferisci!

Io preferisco usare notepad++ per scrivere così di getto o modificare file già esistenti.
Parti da un prodotto/estensione già completo/a, analizzalo/a e crea il tuo template/componente/plugin/modulo personale. Non esiste un programma specifico che crea estensioni fatte bene per joomla! ma ci sono molte guide che ti possono aiutare durante lo sviluppo.