Hai capito da solo...puoi avere accesso solo alla directory in cui risiede il cms...
L'unica cosa che mi viene in mente, ma solo in teoria, è vedere di applicare una soluzione tipo unità di rete virtuale... I permessi eventuali di ogni utente registrato sul server devono essere gestiti dall'amministratore del server...
Però in effetti siamo fuori dall'argomento Joomla... tu vuoi fare un misto....
Ho riletto più volte il tuo messaggio....
tu hai il sito su un server ed i files oltre che su quel server anche in un altro (il tuo)

?
Perchè sta cosa complicata ?
Eì per un problema di sicurezza, backup o altro
