Grazie a tutti per le risposte, sono state utili comunque.
Dopo aver ripetuto il trasferimento un paio di volte in più, alla fine sono riuscito a venirne a capo, anche se Filezilla continuava a darmi circa 7800 file installati e 4848 no, bah! non capisco.
Ho quindi cominciato (ieri) a dare un'occhiata qua e la, senza tuttavia modificare nulla.
Questa mattina, il browser non ne vuol sapere di caricare il sito... (quello istallato da Joomla senza alcuna modifica).
Per quanto riguarda le cartelle (directory), avevo 1.5 in "cartella" e non ha mai dato problemi... in public_html c'è un index.html che rimanda a un file .swf dove ci sono poche pagine solo di presentazione, una voce di menu introduce in ambiente dinamico (joomla) nel quale ti puoi iscrivere, ecc. Ecco perché ho necessità che joomla sia in una directory (come è stata la versione 1.5), ci sono problemi con la 2.5 per cui questo non è più possibile?
Il problema per cui non carico (oggi) joomla potrebbe dipendere da poco spazio residuo nel server?