più che pesante la vedo rischiosa: 2 installazioni di joomla potrebbero anche girare tranquillamente appoggiandosi ad un unico database usando due prefissi di tabella diversi, ma raddoppieresti il carico del db ed in più potresti generare errori in quanto alcuni componenti ignorano il prefisso ed installando lo stesso componente su entrambe sovrascriveresti i dati dell'uno o dell'altro!
La prima opzione invece mi sembra più pulita anche se sicuramente sarà più difficile creare le varie sezioni, ecc....avresti però il vantaggio della condivisione degli utenti (ma nello stesso momento una gestione dei permessi più complessa, anche se joomla! 2.5 mette a disposizione strumenti per il caso molto più validi rispetto alle versioni precedenti) e potresti usare un template diverso per ogni sezione, non dovresti inviare tre sitemap diverse a google, ecc...
E' un po' una decisione che dovresti ponderare basandoti sui questi ed altri pro e contro delle due opzioni..
Ora non voglio entrare nel merito della discussione quale hoster è meglio dell'altro, anche perchè sul forum non si può, ma so per certo che per 20 e qualche euro ci sono hoster, anche validi per siti di fascia medio-bassa, che ti offronogià nel pacchetto (edit.) sottodomini illimitati e se non sbaglio anche più di un database allo stesso prezzo (male che va quanto può costare un db da 100mb, 10 € in più?)
edit: corretto (sotto)domini illimitati