Hai usato sia SEF url che url rewriting con il file .htaccess correttamente posizionato?
E' possibile che ci sia una vecchia sitemap che stia segnalando i vecchi URL a google come ancora esistenti?
E' possibile che tu abbia attivato il SEF solo di recente, cosicché google non abbia avuto il tempo di ravvedersi?
Correggerei il titolo di questo topic. I meta tag sono quei tag HTML invisibili che informano i motori di ricerca sui contenuti della pagina, mentre noi stiamo parlando di duplicazione degli URL SEF versus non-SEF sull'indice di google per una stessa voce di menu.