controlla i file di backup che hai in locale con un antivirus.
Spesso capita che dopo un attacco si tenda a ripristinare subito l'ultimo backup disponibile non pensando che i file malevoli possano essere residenti proprio nel backup stesso.
...Oppure...
Molto spesso è anche possibile che quando carichiamo i file via ftp i file malevoli siano residenti proprio nel nostro pc, quindi, controllate spesso con antivirus il vostro pc prima di caricare qualcosa.
...infine...
se non rientriamo in nessuna delle categorie sopracitate ... verificate tutte le estensioni (templae, moduli, plugin o componenti) che abbiamo aggiunto oltre a quelle di default in quanto circa il 90% delle problematiche giunge proprio da quelli se non aggiornati frequentemente.