Non ho fatto confusione Giovi
Hai ragione, rigiro il monito a me stesso

Ho letto online qualcosa sulle discordanze di impressions tra google analytics ed altri sistemi di statistica e pare che ci siano state differenze anche molto rilevanti. Qualcuno giustifica il fatto che il "contatore" di google non risiede sullo stesso server su cui risiede il sito e pertanto fornisce dei dati relativi. Posso ipotizzare che sia più rilevante il risultato del contatore di joomla! in quanto sensore diretto delle impressioni sul sito. Il numero di utenti iscritti online ovviamente è un dato che può darti solo lui, forse sul numero di visitatori potrei avere qualche dubbio ma sicuramente sarà più affidabile di un sensore che si trova totalmente in un altro continente!
Potresti fare una prova, ma appesantiresti solo il server secondo me, installando joomstats, una via di mezzo tra i due contatori che ti fornisce gli stessi dati di google (incluso ip del visitatore se non sbaglio) ma che si trova installato sul server su cui il sito gira.
Come mai hai incluso il codice di google in due punti diversi? Sia plugin che template? Non bastava solo nel template?